数反对的情况下，人心、士气都不稳，秦良玉也不能只能暂时同意了以守为主的策略。
就在众将还没有散去之前，总督朱元身边的一个亲卫匆匆跑来禀告，说总督朱大人怕是回光返照了，要见秦良玉以及众将军最后一面。
秦良玉与众将俱大惊失色，要知道总督朱元现在是所有人心中的核心骨，一旦他出了什么事情，绝对对军心士气有着极大的冲击，正是因为这个，全重庆城的名医都让秦良玉给请过来了，希望能医治好朱元，就算医治不好，至少现在这个时候能吊住他的命，否则局势就将更加混乱不堪，许多将领必然不服自己统帅，未战恐怕自己内部就先打起来了，一想到这里，秦良玉陡然升起一丝无力回天的感觉。
秦良玉第一个走进朱元的病房，身后跟着杜文焕以及一众将领也都陆续走了进来，每个人脸上都显得非常的沉重。
总督朱元已经让人给扶着坐了起来，脸色异常的潮红，整个人看上去似乎精神了许多，一望便知是回光返照的征兆。
朱元没有随蜀王反叛，这已经让秦良玉心中那块巨大的石头落地了，不管是做巡抚还是总督，朱元对他们这对孤儿寡母的都甚为照顾，而且在四川地面上，朱元也算的上是一个好官，尤其在大是大非上不随波逐流，军事指挥上也很有才华，所以秦良玉内心里是极不愿意看到这样一个人老来失节，成为千古骂名。
“朱老大人？”秦良玉上前轻轻的唤了一声。
朱元闻得声音，缓缓的睁开了眼睛，先前的浑浊不见了。又恢复了已往的清澈，嘴角微微一笑，看到一屋子的人，缓缓道：“秦将军，你们都来了？”
“大帅，文焕对不起您！”杜文焕从秦良玉身后走了出来，双膝落地，跪在坚硬地青石砖上，眼圈刹那间就红了。
紧跟着杜文焕身后顿时跪了一地，个个都垂下了脑袋。房间里顿时弥漫这一股悲凉的气氛，就连秦良玉这个素来坚强的女人都忍不住心中一酸，差点也跟着一起跪下了。
“文焕，你没有对不起我，这是我咎由自取，罪孽深重呀是我的错误估计，蜀王又怎么得逞，你先起来吧。”朱元在四川十多年，从参政的位置一直升到总督。全凭的是自己的本事，不然他一个文人又能如何受到这么多将领的尊敬呢。
杜文焕知道朱元的脾气，向来都是说一不二，抬头看了朱元那双不怒自威的眼神。缓缓地站了起来。
“你们也都起来吧，我有话要说！”
片刻，所有将领都站了起来，聆听朱元的训示。
“本督知道自己时日不多了。临走之前有些事情要交代一下，秦将军。”
“秦良玉在！”
“在朝廷没有选派新的总督过来之前，本督授命你掌管本督所有印信。可暂行总督所有职权！”朱元沉声道。虽然他也知道这不合朝廷的法度。但事有从权，眼下他只能这么做了。朝廷总不会去怪罪一个死人吧？
没有人敢反对，秦良玉知道这个时候不是你推我就的时候，当即半膝跪下道：“秦良玉谨遵大帅之令！”
“好，有你主持大局，本督也走的安心。”朱元脸上绽放出欣慰的笑容。
“众将听令！”朱元突然脸色一变，严肃的喝了一声道。
“标下在！”杜文焕等一众将官通通再一次跪了下来。
“这是本督临死前最后一道军令，就只有四个字，主动出击！众将可都听明白了吗？”朱元似乎用尽自己最后的力气大声道。
“谨遵大帅军令！”众将都在心中一颤，异口同声道。
秦良玉的眼睛湿润了，她怎么也想不到朱元最后一道军令是为了成全自己，这是为自己统领这群将领打下第一道基础，进而上下一心，取得平叛地胜利。
“大帅去了！”突然杜文焕的一声悲呼，众将纷纷从地上爬起来，簇拥上前，看到的是紧闭着双眼，没有任何呼吸的朱元，想来是刚才透支了所有生命力，终于油枯灯尽了。
崇祯元年十一月十四日黄昏，四川总督朱元病逝，由石柱总兵秦良玉暂代总督职权，三日后，率大军四万出战蜀王叛军，半个月后攻下成都，一月之内横扫四川全境，天下震动，诸王慑服，莫敢异动。
吴黑苗大败，死伤两万五千有余，元气大伤，什么湘西土司领主结盟大会都烟消云散了，逃回麻阳，收拢残部地吴黑苗简直气的快要发狂，疯狂在控制区内征兵，以补充自己在燕子沟一战巨大的损伤，至于他与麻姑的婚事被无限期地搁置，得了四尊火炮的麻老官实力大增，尤其是州城中麻贵率领的自家四千人马没有参与燕子沟一战，顺利地撤回了老城，虽然还是那么多人马，对比起来，实力不减反增。
洪承畴也不好过，除了先前诈败诱敌之策损失五千之外，燕子沟一战，也损失了将近五千人马，加起来也有一万了，这样地损失还是大军进入湖广境内最多地一次，虽然现在占领了州城，对吴黑苗形成一个巨大的半包围，但由于兵力不足，很容易再一次被吴黑苗大开缺口，尤其对手手上还有四尊火炮，虽然没留下多少炮弹，但足够人家打开缺口了，洪承畴现在最希望地是贺人龙的两万人马赶快过来，好补充兵力的不足。
就在洪承畴一筹莫展之时，一个消息从黄宗羲处传来，失去联系许久的曹虎奇袭了镇溪所，就出了那里面被苗人关押的近五百名大明士兵，现在正据守那里，竿子坪长官司田家集中了尽一万五千人的兵力围攻镇溪所，形势万分焦急，曹虎派出了十个人潜会来报信，能活着回来的就只有一个人，这个人还身中毒箭，强忍着最后一口气把情况说了之后就不甘心的咽气了。