可法明面上没有错，他错就错在他上了那一道密折，触动了太多人的神经，所以才有这么多官员联合起来齐心弹劾他，因此他是输在自己手上，过于急切的改变现状，而忽视了潜在的反对力量的强大，当众多官员众口一词的时候，明知道他是对的也只能是错的了。
其实这也是新旧势力的一次交锋，尚在襁褓之中的新势力败给了传统病态的旧势力，也是旧势力的一种逼宫，向朱影龙这个皇帝显示他们的力量，让皇帝也知难而退。
事实上，代表旧势力的杨鹤、周廷儒、温体仁之流只能算暂时占据了一点上风，接下来开始对内阁展开了连续的口诛笔伐，不但朝堂之上风波迭起，就连民间也是波涛汹涌，大家围绕“新政”和“旧制”展开了一连串的辩驳，支持新政的多是东林一派，因为他们本来就主张变革新法，而且东林一派正是当权一派，在年轻士子和一些开明的中下底层官员拥有很高的声望，而占据朝野几乎大半江山的守旧一派，虽然新皇帝登基后他们遭受阉党一案的波及，有些损失，但毕竟根深蒂固，其领军人物也基本都是当朝显赫人物，实际实力甚至支持新政的东林一党之上。
党争，这是有明一朝从来就没能解决的问题，现在却无可争议的摆在了朱影龙的面前。
有明一朝都没有摆脱过党争之祸，而且还有愈演愈烈之势，到了天启和崇祯两朝，各种党派更是如同雨后春笋，政治主张层出不穷，代表各方势力的利益。多数都是以自身利益为重，也有不少是挂羊头卖狗肉，党派良莠不齐，互相攻奸，也造成了朝廷政局不断的动荡，客观上也加速了明朝灭亡的速度，朱影龙自己也没有想过自己统治下的大明朝不会出现几个政见不同的党派，但对党争突然地到来还没有足够的心理准备，虽不曾手忙脚乱，但着实影响了朱影龙的改革。也迫使他不得不拿出更多的精力来思考消除党争的办法，当然完全消除是不可能的，但总要最大限度的消除党争对新政改革的影响，最好能走上一条良性竞争的道路。
朱影龙目光渐渐从政改移到了军改上面，政治经济改革到了一个低潮阶段，再强行改革下去就会遭致更大的反弹，还不如在下一段时间巩固现有地改革成果，这也是老人们常说的“贪多嚼不烂”的道理，军制改革虽然也牵涉到不少人的利益，不过在军队是朝廷的是国家的。就是有将领有占山头做诸侯王的想法，以朝廷现在的掌握的军事力量，估计没有人敢公然造反，相对而言军制改革受到的阻力会小一些。而且有京城新军例子在前，兵制改革也相对容易一些，因此朱影龙动了先动军队地念头，有了一支绝对拥护自己的军队。到时候就算强行推行政改和经改也会容易许多。
当然，这并不等于朱影龙故意放纵党争，史可法事件让朱影龙更加警惕起来。明朝一半是亡于党锢之祸。另外三分之一是明朝君臣的无能。剩下六分之一才是后金这个外敌，至于明末的农民起义。这不过是王朝更新换代地必然，也就是官必民反，所以明亡是亡于自身，故而朱影龙对杨鹤、周廷儒等人挑起党争是万分的不悦，杨鹤志大才疏，久居高位，养成了一付自大自傲的习性，若不是为官还算刚廉，就算他当初拥立之功，也未必能坐到刑部尚书的未知，而那周廷儒则包藏祸心，是个典型地小白脸，奸诈小人，朱影龙早就想办这个人，奈何没有一个好的借口，也抓不到他的尾巴，故而还留其在朝堂之上，还有那个温体仁，一丘之貉，若不是当初出登大宝，需要用人，这样地人有怎么会让其立于朝堂之上！
军制改革也非朱影龙一个人想到了，军机阁首辅孙承宗也想到了，国丈熊廷弼年初去西北
时候也跟朱影龙商谈过这件事，但是那个时候朝廷全整顿官场和“严打”上面，如果那个时候连军队也动地话，出了突发事件，怕难以收场，而京营新军与边关的卫戍部队又有不同，边军已经成制多年，许多恶习积重难返，要想扭转非下一些力气不可，京营新军虽然也有当初一些残留，但毕竟一开始组建地时候就如同一张白纸，可以任意涂抹，熊廷弼去了西北大半年，在朱影龙的默许下，他对西北边军动手了，有不少军中将领上本参劾，都被朱影龙强行压了下去，弹劾熊廷弼的将领大多调职贬官，给熊廷弼在西北大开方便之门，大半年过去了，终于取的了一定成效，于是熊廷弼一道奏折到了军机阁，更附上了一封信给了首辅孙承宗，认为军制改革的时机已经成熟，有他的西北军和京营新军，加上袁崇焕手上还没有进行改革的辽东军，足以压的住国内一切可以反对的力量。
在给军机阁上奏折的同时，熊廷弼还不忘联合辽东的袁崇焕，还有远在福建的洪承畴，广州的常炎林，南京的熊兆等人，一时间，数份要求兵制改革的奏本摆到了孙承宗的案头上。
尽管孙承宗也同意了熊廷弼等人关于改革朝廷兵制的意见，但这几份奏折来的却不是时候，正是处在朝局震荡之时，果断能干，刚正不阿的史可法因为触动了太多人的利益，招致过半数的在京官员弹劾，皇帝都没能保住，现在还关押在大理寺的大牢中，如果再让军队乱将起来，那可是天塌下来的大祸，故而孙承宗接到这些个奏折，谨慎的他小心的将其压了下来，这也是朱影龙奇怪为何从张嫣处回宫那日军机阁居然没有一份奏折，还以为孙承宗会在次日大朝之时直接呈报，岂料大朝那日孙承宗站在列班中一言没发，而朱影龙因为史可法引发的党争事情烦恼，没有任何的察觉，等到他想到暂缓新政改革，巩固已有的成果，转向军制改革，召孙承宗入宫询问之时，才看到了熊廷弼等人关于朝廷军制改革的建议奏本。
熊廷弼在奏折提出了划分全国军区的构想，这绝对是一个相当超前的想法，这也与朱影龙不断的循循善诱有关，还有军区换防制度，这也是防止军队大将拥兵自重，不听朝廷调令。
袁崇焕也提到了两点，一是兵役制度，现有的卫所制名存实亡，而募兵制太宽，兵员素质难以保证，毕竟当兵吃苦，而且随时面临死亡，除了生计所迫，谁愿意当兵？二是，今后朝廷军队的编制？他对京营新军起了极大的兴趣，这种“四四”的军队编制似乎作战更有效，指挥更为灵活，还有在旅、团以及设参谋的做法他已经在辽东边军中试点，已经取的很好的效果，尝到甜头的他建议全国推行。
熊廷弼和袁崇焕两人在奏折中的共同点就是他们已经意识到了火器的厉害，尤其是火炮集中突击轰炸的威力让这两位赫赫有名的名将念念不忘，奏折各是狮子大开口管朱影龙索要火炮已经大量的炮弹，而这些由于朱影龙决定了优先海军的原则，新铸造的火炮几乎都被拨给了海军，故而对于两位心腹大将的哀求只能无动于衷。
军制改革最大的难处并不是对现有的军队用新的编制打乱了之后进行改编，还有重新制定将官职称以及实施皇帝首创的军衔制度，最难的是兵役制度，这才是军制改革最根本的问题，这个问题不能有效的解决，军队的强大只是一时的，昙花一现。
对此，朱影龙早就想到了后世的义务兵役制度，不过这个兵役制度要在等级观念严重的封建王朝实施的话，也只能说是一个有局限的义务兵役制度。