下来就是三天后的大朝，朱影龙没有朝臣反对的机会了将李瑶调入禁军的命令，因为跟军机阁有了默契，内阁的官员纵有反对也只能是软弱无力的，但是军机阁也对这次调令做出了一些限制，这也让内阁的官员们松了一口气，而在内阁会议上叫的最凶的教育部侍郎孔以贞则在朝议上偃旗息鼓，似乎有些蔫了，时候他解释他那天牙疼，发炎，大夫嘱咐他不能多说话，遵医嘱，所以他那天在朝议上一句都没有说。
事情的真假已经没有人愿意去追究了，反正木已成舟，就连杨鹤也因为刑部的大变动牵去了他大半的精力，当初巡检部分出去他就不高兴，现在虽然两部又合并了，但职权上却稍有分化，尤其是大理寺升为大理院，几乎将刑部最重要的审勘定案的权力那过去大半，还有都察院，从以前的风闻奏事也慢慢走向做实事，对刑部抓人搜查更加有实际的审查权力，三个部门现在互相牵制，有互相监督，大有三法司从此一家的意思。
这一次朝廷大部的变动中，最得利的要数大理院和吏部，大理院是从大理寺升上来，可以说是前无古人，后无来者，捎带这大理寺的官员多少都升了一级，权力也比以往大了许多，当然有得就有失，大理寺原来对军队军官、士兵违法乱纪的案件是可以审理的，但现在这一部分被划归军机阁下军法司了；吏部呢，新增了一个权力部门，本来吏部也有对官员的考核以及查查的权力，但这部分权力虽在，但却没有一个强有力的执行部门，现在不同了。吏部有了专门对官员的监察司，等于说拿到一把尚方宝剑，吏部本来就非常重要的一个部门，现在愈发变得更加重要起来，地位在九部中一下子上升到第二位，仅次于财政部。
有好事地官员，还给朝廷这九个大部两个院搞了一个排名。
财政部名列第一，这是毋庸置疑的，现在谁都知道朝廷最需要的就是钱，没有钱什么事情都干不成。因此身为财政部长、内阁副总理大臣的孙慎行是最繁忙的一个人，尤其是到了年终，更是忙的家都顾不上了。
第二是吏部，每年吏部的考评可都是关系着官员的前途命运，还有三年一次大考，京官谓之京察，外官谓之大计，都深切关系道官员们的前程，吏部的考功司地官员们就成了香饽饽了，还有新加入进来的监察司。权力更大，监察司的官员虽然大部分是御史出身，但个个都精通查案和刑狱审勘，这是监察司司长（侍郎）亲自挑选出来的。这些人好些个都是官场之中的另类，一旦被监察司盯上了，就等于半截身子进了监狱，因此监察司在吏部编制中也是一个比较神秘特殊的部门。正因为他有着特殊的使命和巨大的权力，顺带这吏部的排名直线上升。
第三是农业部，这虽然是个新兴的衙门。但大明本是个农业大国。农业自然是重中之重。尤其现在全国老百姓温饱都没有达到，粮食缺口很大。因此朝廷上下对农业地重视和投入是非常大的，而起农业不的尚书宋应星虽然非进士出身，但他主持研究发明出来的一系列地农业种植新方法新技术，还有推广不少新型的农作物，如番茄、土豆、番薯等等，不仅丰富了百姓的餐桌，更救活无数百姓，尤其在安置流民的工作中做出了巨大贡献，因此当仁不二地排在了第三。
第四是刑部，这点不用叙说了。
接下来是教育部、水利部以及建设部，这三个衙门互有侧重，都是国家基础建设的重要部门，教育部为国家培养和储备大才，水利部兴修水利工程，一方面可灌溉农田，粮食增产，另一方面可减少灾害的发生，如洪水、旱灾等等，建设部则包含了全国道路、桥梁交通等一系列地设计、施工以及建造，未来十年到十五年之内，朝廷对官道整修地投入也是一个巨大地数字，只有路通了，商品才能流动，拉动消费，刺激内需，这些都需要交通的畅通。
工商部排名虽然仅次于教育、水利和建设三部之下，但重要性也非常之大，因为它可是对以上各部门提供着不菲地资金供给，管理着大明朝所有的国有资产，可以说是富得流油，官场之中，不知道多少人向往这个衙门，而这个部门的尚书也让朱影龙伤透了脑筋，要是史可法在的，他是最合适的人选，可现在史可法让杨鹤等人逼着他贬到了琼州去了，人选就成了一个大问题，最后让原右都御使陈于庭暂任尚书大臣。
排名第九的是外交部，虽然朱影龙非常重视外交，但现在重心放在了国内，因此外交上就显得靠后了。
第十就是科技部，这也是个新兴的部门，翟式任尚书大臣。
这十部隶属政务院，也就是先前的内阁，一般上称还是内阁，政务院的称呼还有些不习
没有内阁来的简洁明了。
军机阁也下设了三大部门，总参谋部，总装备部以及总后勤部，三部尚书大臣分别是熊廷弼、英国公张国维和原兵部侍郎梁廷栋，其中陈新甲、傅宗龙、孙元化等人在新成了的三部中分别都有任职。
暗影也面临重大的改组，周文元进入军机阁，任第一任帝国中央总情报司的司长（相当于侍郎衔！），李永贞的鹰组也改变职能，只要是对外派遣间谍和特工，获取包括敌国在内的一切情报，隶属总情报司，但独立在外！
这一些列的变动让许多人措手不及，几乎将朝廷原来的旧有体制完全打破，这是一场由上而下的制度变革，而且还是由皇帝主导的制度变革，具有非常深远的意义，被誉为大明开国以来最划时代的变革，让中华民族再一次站在世界巅峰之上具有里程碑意义。大明朝再一次焕发了无与伦比的活力！
后世史学家们声称，这一次对旧有制度地打破，他救了整个中华民族！
所有改革都在既定计划内有序的进行，改革是从朝堂之上开始的，由于朱影龙的绝对威信，阻力并不是很大，百姓对改革也大多持支持的态度，毕竟这一次改革更多的会个普通百姓带来更多的好处。
根据朱影龙自己的理解，封建社会，家国天下。朝廷也就是政府的职能是剥削者和拥有者，政府其实是决定者，他们可以决定百姓的生死、富贵贫穷等等，而资本主义社会，政府是一群利益需求者组成，他们是剥削者和管理者，百姓听话就能生存，社会主义社会，政府既是管理者又是服务者，百姓既能参与管理又能参与服务。共产主义社会也许会存在，社会在进步地过程中，政府的职能也在相应的转变，这种转变也是社会进步到了一个临界点而产生的巨大动荡或者革命。爆发战争，其结果是更进一步还是倒退这都是很难说的，机遇好的就会进步，机遇差的。不但不会进步，甚至会倒退，而在将来会造成更加严重的创伤！
中华民族就很不幸。本来已经快到了一个制度变革的临界点。由于统治者昏聩加上自然界的天灾。身边又崛起一个强大地敌人，最后历史在这里来了一个大倒退。这还是底子后才撑了几百年，不然早就被西方殖民者殖民了。
当然这么大的一次变革不可能一两天就能完成，在京城这一亩三分地上，朱影龙身为这座城池的主宰，自然是想怎么样就怎么样，凡是抗议的或者是反对阻挠改革地人通通一强硬手段处理，只要安抚好老百姓，这些人是闹不出什么花样来的，他还可以出动军队镇压！
杨鹤等不少顽固坚持守旧已拍也是十分的苦恼，不是他们行动太慢，而是皇帝动手的速度太快，根本不给他们商量出抵制新制度变革地时间，而等到他们想要抵制的时候，却发现身边已经越来越多支持变革的年轻官员，这些年轻官员并不完全是进士出身，他们大多是举人出身，朝廷规定，举人就可以为官，但举人出身地官员大多在基层，基本上不是进士就很难往上升，而这些举人大多数是从北京大学和清华大学提前毕业出来地。
原本杨鹤等人还在等着看皇帝地笑话，因为一下字扩下这么多部门，从哪儿找到那么多人组建新衙门？
就算现在开恩科也是来不及，而且组建新的衙门也不是一天两天地事，以往朝廷筹备一个新衙门起码也得半年至一年的时间，而朱影龙从下旨到把架子搭起来仅仅只用了三个月，再有三个月的时间就可以完成职能的架构以及内部的进一步充实和完善，正式参与到朝廷的管理当中去了。
当然，这期间的乱是可以预见的，而且一些撤销或者保留下来的衙门也不甘心交出手中的权力，因此矛盾将会非常尖锐，甚至因为口角之争发生动手动脚的流血事件。
而蓝蓉蓉也正是选择朝廷变革这个阵痛期的混乱制定了这个天衣无缝的营救行动计划，甚至还想在这混乱之中再添上一把火，只可惜功败垂成！
而李瑶入主禁军却成了新制度变革初步完成的阶段性标志。
打破原有的制度，建立新的制度，古来多少帝王都无法完成的事情居然让朱影龙轻而易举的完成了，这不能不说是一个奇迹，但这个奇迹的背后也有着一定的必然，首先变革是一个过程，如果他登基之处就这么干的话，必败无疑，等到他平定江南，整合国内军力，将全国的军队都牢牢的绑在他的身上，有这样一支力量支撑，还有减赋、免赋带来的民心和声望，民心所向，国内干戈平息，人心思定，这才实施新制度变革，可以说取得成功是必然的。