第二天朱允炆来到奉天殿上朝，文武百官三跪九叩之后朱允炆让众爱卿平身。
朱允炆对着下面的文武百官说道：“自朕下令削藩以来立时半年有余终于清剿叛军及其余党，这是太祖庇佑我朝，不过我朝有些人作为叛军内应为祸京城，朕现在命大理寺联合刑部，宗人府联合调查此事，朕不能放过一个坏人，也不能错杀一个好人，
众人领命后朱允炆接着说：“这次征战有功者你们拟一个名单上来，然后礼部研究一下如何封赏。”
过了一个月左右，徐达大将军在回朝的路上染疾病故，常茂带着着大军以及徐达的棺椁返回了京城，朱允炆听到这个噩耗后心情久久不能平静，自己想到：“我虽然让徐达的寿命延长了多年，可是他毕竟是已经年老了，这样的长途跋涉统领大军也是吃不消了，我让他去统领大军是不是害了他呢，看来这也是天意啊，不过我还要感谢老天能让徐达多活了这么久，总算是能帮助我削除藩王了。”
朱允炆命人追封徐达为中山王，赐谥“武宁”，配享太庙，其子徐辉祖袭魏国公，三代之内不允降级。这是很高的待遇了，三代之内徐辉祖的以王爵与其夫人合葬，全国哀悼一天。宫中一月内不得吃荤，以是对中山王的敬意。
朱允炆亲自来到魏国公府，在徐达的灵堂前下跪，身后众大臣也跟随朱允炆下跪，朱允炆见到了披麻戴孝的徐辉祖安慰道：“爱卿，中山王仙逝实属我朝之不幸，还望爱卿能继承父志，为我朝多做贡献啊。”
徐辉祖跪拜道：“臣必定以家父为榜样，报效国家。”
朱允炆扶起徐辉祖说道：“起来吧，朕还有事就不多陪了，你也要注意身体，将来朕还指望你为国家出力呢。”
朱允炆回到了皇宫之后过了几日，徐达也入葬，徐达墓，位于京城太平门外板仓村。
朱允炆回到华盖殿叫来了方孝孺说道：“老师现在藩王平定了，可是这些藩王连带着手下的人该怎么处置呢？是杀，是关，是放？”
姚广孝说道：“陛下以为如何呢？”
朱允炆说道：“就是犹豫不决才问你的呢，要说杀他们就是死十次都够了，谋逆犯上那时诛九族的大罪，可是这些藩王毕竟都是太祖的子孙，要是大开杀戒恐怕对不起太祖在天之灵，要是不杀的话这些藩王缺如芒刺在被，朕不知道他们什么时候又会反叛，老师你给朕出个主意好吗?”
姚广孝说道：“陛下如此仁慈不知是福还是祸啊，陛下既然这么犹豫就是不想杀众藩王，陛下不想杀他们的话可以以他们是遵循太祖训示，清君侧，不过朝廷中并无奸臣需要清侧，他们犯了僭越之罪，不过陛下仁慈，不忍血流成河，决定削除削除爵位，交宗人府圈禁。”
朱允炆点点头道：“这个办法好，然后等几年天下稳定了再把他们放出来。这些藩王中也由不少人才，要是将来他们安分守己的话，朕也考虑他们为朝廷所用。”
朱允炆之所以改变看法那就是因为看到了徐达的死想了很多，自己本来就不是这个时代的人，还是得饶人处且饶人吧，毕竟藩王们都是维护自己的利益，也说不上对错，战在自己的立场上他们是错的，可是站在他们的立场上缺又是对的，既然我已经胜利了，还是用自己以后用事实说话吧，让他们看看我治理的国家如何的富强。
姚广孝佩服的说道：“陛下臣越来越看不明白你了，陛下如此年轻就有如此气度，真是我朝之福啊。”
二人都是呵呵一笑，不再多言。
这时朱允炆招来了刑部尚书－暴昭，大理寺少卿－胡闰，大理寺丞－邹瑾，宗人府经历－卓敬，四人然后问道：“你们审讯的如何了？”
暴昭说道：“陛下经过调查，审讯这些人多以招供，其余被冤枉者也已经被放，这是名单。”
朱允炆看到名单上写着一长串的名字，朱允炆问道：“你们都仔细审查过了吗？可有屈打成招者？”
胡闰说道：“陛下，这些人虽然都受过刑法，不是事实清楚，逻辑分明，并无屈打成招者。”
朱允炆点点头说道：“你们先下去吧，将内阁成员都叫来”
不多时剩余六部内阁成员来到了华盖殿，对朱允炆行跪拜大礼。多了个商部所以现在时七个部，研习部是专门听命于皇帝的秘密机构没有资格进入内阁。
朱允炆道：“我今天找你们来是商量一下叛军治罪的事情，你们看看吧，这是名单。”
众位大臣接到名单后传阅了一遍，大家看到这名单上的名字后都暗暗吃惊，天那，这么多王公大臣都参与谋反了，这要杀多少人啊。
礼部尚书陈迪说道：“陛下，我朝以仁治国，这些官员虽然犯罪，希望陛下遵循圣人教诲能给他们一个改过自新的机会。”
兵部尚书茹常说道：“陛下，这些乱臣贼子人人得而诛之，臣建议全部重判，如果轻判的话今后还会有人越雷池而上。”
大家你一言我一语，反正就两点，重判和轻判。
朱允炆示意大家收声，然后说道：“你们的意见我已知晓了，判是肯定的，只是轻与重的问题了，朕决定按大明律处置，绝不徇私。”
七人跪拜道说道：“陛下圣明”
第二日早朝之上朱允炆对着众人说道：“建文新朝大赦天下，以往一切重犯一律免死，这次密谋藩王清君侧之臣全部削官罢爵，剩下的你们看着处置吧。藩王皆是太祖子孙，真不忍骨肉血流成河藩王灭死吧，削去爵位贬为庶民，交宗人府圈禁，待日后表现良好后再做处置。藩王既然不相信朕能坐一个好皇帝朕就要做给他们看看。”
众人一听一齐跪倒：“陛下圣明，吾皇万岁万万岁”