迪亚鲁加VS帕鲁基亚达库莱伊
时间和时空，迪亚鲁加和帕鲁基亚，两个不应该遇到的强大力量在时空的夹缝中相遇并且开始了激战。（duYidu.com更新）小智、小光和小刚三个人来到了阿拉莫斯镇，那里有一个时空之塔，时空之塔同时也是个巨大的乐器，他们在那里遇到了被称为邪恶的宠物小精灵－达库莱伊，达库莱伊让小智做了一个奇怪的梦，当小智醒来时，人已经在精灵中心，达库莱伊也不见了。之后，阿拉莫斯镇被转移到了另一个空间，所有人都无法离开阿拉莫斯镇，大家都认为是达库莱伊干的，达库莱伊出现后遭到了大家的围攻，而达库莱伊让宠物小精灵们都睡着而且还做噩梦，应为达库莱伊的力量，梦中宠物小精灵出现在了现实世界。达库莱伊向时空之塔的塔顶飞去但被弹了回来，之后，掌管空间的神－帕鲁基亚出现了，宠物小精灵们也从噩梦中醒了过来。原来时空的错乱是因为帕鲁基亚被迪亚鲁卡打伤，躲到了阿拉莫斯镇养伤才造成的，而达库莱伊知道这一点，所以才在阿拉莫斯镇出现。达库莱伊为了赶走帕鲁基亚，就和他开始了战斗，然而从天上又有攻击打了下来，掌管时间的神－迪亚鲁加也出现了。迪亚鲁加和帕鲁基亚之间又开始激战，也是应为他们的战斗，时间与时空碰撞后，时空开始不稳定，阿拉莫斯镇也在渐渐的消失，然他们停止战斗的方法就是到时空之塔的塔顶，让时空之塔开始演奏乐曲。于是小智和小光就朝着塔顶出发了。迪亚鲁加和帕鲁基亚开始使用他们最强的技能－时间咆哮和空间爆破，如果这两招碰撞到一起的话，这个空间就不保了，阿拉莫斯镇也会消失，达库莱伊上前压制住了他们，可是受到了他们的同时攻击，达库莱伊消失了。迪亚鲁加和帕鲁基亚又开始使出了最强技能，就在千钧一发的时刻小智他们让时空之塔开始演奏乐曲了，迪亚鲁加和帕鲁基亚也停止了攻击，并且离开了阿拉莫斯镇，阿拉莫斯镇变回了原样，达库莱伊也重生了。
骑拉帝纳与冰空的花束雪米
一只可爱的宠物小精灵，也就是雪米在树林里找到一个池塘，正当它要喝水的时候，迪亚鲁加出现了，这时，在池塘的中央出现一个洞，迪亚鲁加会被吸进去，他权力逃出，但被骑拉帝纳拉了进去，雪米被波及到，也被吸了进去，原来黑洞的另一面就是只有骑拉帝纳存在的真实世界的另一面－反转世界，迪亚鲁加和骑拉帝纳开始了战斗。雪米吸收了反转世界的黑雾，使出了种子闪光弹，竟然开启了通往真实世界的洞，迪亚鲁加利用那个洞逃了出去，雪米也离开了反转世界，而骑拉帝纳由于迪亚鲁加的原因无法离开反转世界。小智一行人正打算吃饭，可是他们的煎饼被身上都是灰的雪米吃掉了，小光把雪米洗了一下，雪米竟然说话了，但是它发烧了。小智等人把雪米带到了精灵中心，雪米的烧也退了，雪米喜欢说完话后加上：“的说”，它的口头禅就是：“要感谢雪米的说”。原来雪米有一个习性－花运，雪米群会在每年固定的时间前往一个花田，然后从那里出发创造新的花田，这就是花运。而这个是落队的雪米，雪米然小智他们帮它寻找花田，如果迟到的话，会被同伴抛弃的，于是，小智等人就出发去寻找花田了。在半路上，雪米被火箭队抓走了，而在柱子上出现了洞火箭队、雪米、小智和小光被吸进了反转世界，骑拉帝纳为了抓住雪米而开始攻击小智他们，而他们在反转世界里认识了研究反转世界的人－无限·格雷斯兰德，他带着小智他们离开了反转世界，而他还要就在反转世界继续研究。小智等人有开始前往花田，在路上遇到了本故事的坏人－零，他骑在飞在的天上的工具上，手下是一大群小磁怪，三合一磁怪和一个磁浮王，他的目的也是雪米，小智等人为了躲避他的攻击，逃上的火车，正好那辆火车会到码头，坐船可以到花田。火车上有个人有格拉西带亚之花，雪米吸收了格拉西带亚之花的花粉变成了天空形态，原来雪米只要吸收了格拉西带亚之花的花粉就能变成天空形态了，变成天空形态的雪米可以飞翔。小磁怪们追了过来，雪米、圆企鹅和皮卡丘打走了他们。他们下了火车后换乘船向花田出发了，但是又出现了洞，把小智他们吸了进去，而零也利用那个洞进入了反转世界。雪米和骑拉帝纳战斗，但是到了晚上，雪米变回了大地形态，雪米只能在白天变成天空形态。无限又救了他们，火箭队成了无限的助手，但是小磁怪们把雪米和小智他们抓了起来，把黑雾引到他们那里，那黑雾有毒，如果吸了黑雾就会有生命危险，雪米为了就他们，吸收了黑雾，雪米吸收了黑雾后使用了种子闪光弹，这样就不会有危险，但是这样就会开启通往真实世界的洞，原来骑拉帝纳就是为了这个所以才要抓雪米，骑拉帝纳利用那个洞离开了反转世界，而这也就是零的目的了，他想让骑拉帝纳离开反转世界，到了冰山前面的花田，那就是雪米要找的花田－格拉西带亚花田，雪米变成了天空形态。零在真实世界抓到骑拉帝纳，零用了一个超大的战舰，大反转号，他捉住了骑拉帝纳，复制他的力量，小智和小光在战舰上对付小磁怪们，骑拉帝纳的力量复制了99％就被无限弄停了，可是他把战舰的所有机能全部停了，大反转号就要坠落了，无限、小智和小光利用零的飞在的天上的工具离开了大反转号，零也利用小型战舰离开大反转号，小型战舰已经复制了骑拉帝纳的力量了，骑拉帝纳快死了的时候，雪米用芳香治疗救活了他，零进入了反转世界，小智和雪米也进了反转世界。应为反转世界和真实世界是相连的，所以零利用反转世界破坏真实世界，冰山开始移动，这样下去，花田和前面的城市都会被毁掉，大家尽力阻止冰山移动但是都没用，危机时刻，雷吉奇卡斯和一大群猛犸出现了，他们一起阻止冰山的移动。零被骑拉帝纳打出了反转世界而且被压在了冰下，他的计划失败了，骑拉帝纳他们也出了反转世界，之后骑拉帝纳飞走了，无限说因为迪亚鲁加在附近。雪米和其他的同伴一起离开了花田。
阿尔修斯超克的时空
故事情节（第一回）
继续旅行的小智一行来到了四周环绕着丰富自然景观的河畔之城米琪那。这座城中有几千年前的神殿遗址，小智一行向位于巨大岩山上的遗迹前进。岩山山顶有一片巨大的湖，遗迹就建在湖边。小智一行陶醉在美丽的湖光之中。然而，湖面波澜骤起，水上形成了龙卷风，向小智一行迫近。眼看就要被龙卷风卷起来的时候，忽有一位女子伴着[迪亚鲁加，拜托你了！]的声音出现。下一个瞬间，空间被割裂开，迪亚鲁加的身影出现…
女子名叫西娜，是遗迹的守护者。据说她有和神奇宝贝心意相通的能力。西娜将小智一行引入遗迹，用时空仪逐一介绍了迪亚鲁加、帕鲁奇亚和骑拉帝纳的空间，然后又开始将米琪那镇的古老传说娓娓道来…
（这时候，从DP第一部剧场版里面时间空间双神为什么会相遇，第二部里面冥王龙为什么会如此失态冲出反转世界这一切的一切都解开了）
一切要从上古时代，相传创造了万物的幻之神奇宝贝亚尔修斯(Arceus)为救许多神奇宝贝而撞向陨石的事情说起。
故事情节（第二回）
由于和陨石相撞，亚尔修斯陷入濒死。原因是冲击波使亚尔修斯失去了它持有的16个命之源。
一名叫达莫斯的男子找到了丢失的命之源并交给了亚尔修斯。为了感谢达莫斯的帮助，对米琪那的土地荒芜感到同情的亚尔修斯用自己命之源中的水、草、地面、雷电和龙的力量取出做成『生命宝玉』，并借给了达莫斯。达莫斯用生命宝玉带来的亚尔修斯的力量使米琪那的土地变得富饶起来。
然而，达莫斯与亚尔修斯间就借给生命宝玉立下约定，『到下次太阳消失的哪一天——』意味着在下次日食出现的时候，达莫斯就要把生命宝玉交还给亚尔修斯。
相信了达莫斯的亚尔修斯借给了他生命宝玉，之后米琪那的土地逐渐变得湿润，并丰收起来。然后，该把生命宝玉交还给亚尔修斯的约定的日子到来了……