如前所述，当时的文臣中，希望通过刺激皇帝使皇帝记住他们名字甚至希望通过皇帝一顿斥骂、痛打、贬谪而沽取清誉的人不在少数。维护继位祖制，在政治上永远正确，无疑是一个很好的炒题。这么好的议题，言官们当然不会放过。因此，要求早立皇长子为太子，要求让皇长子出阁接受教育的奏章不断，万历不胜其烦，引起君臣关系不断恶化，万历从此不再上朝，对类似的奏章一概留中不。万历“不朝”由此而来。

万历因为立储的问题处罚了很多大臣，然而大臣并不退缩，继续“触虎须、逆龙鳞”，君臣的关系更加恶化，万历也因此产生了逆反心理，大臣越要立储，自己就越不立，决不向大臣们妥协。

万历十八年十月，事件进一步升级，廷臣联名上奏，内阁也以辞职要胁，要求立皇长子为太子。万历面对压力，放出话来，如果大臣们不再奏扰，就在明年冬天举行，如果再上奏，就等皇长子过了十五岁以后再说了。不久又改为“二十年春举行”。双方达成契约，暂时休兵。

然而万历十九年八月，工部主事张有德不长眼，再次上疏，请求为明年举行的立储“预备仪物”。万历看后大怒，认为这是破坏约定，有意挑衅。于是下令立储之事延后一年，并罚张有德三个月工资。

次辅许国与廷臣联名上疏，并把当时正在请假的申时行名字列在位。皇帝看后愈怒，申时行得知后向皇上写了一个“密揭”，说明自己当时正在请假，并不知情，名字是别人列上去的，与己无关。按照惯例，阁臣的“密揭”是不能公开的。可这时气极了的万历却出卖了申时行。将“密揭”了下来。申时行被指为两面派，罗大纮、黄正宾弹劾申时行是两面派，“阳附廷臣之议，而阴缓其事”，被斥为民。申时行深感不安，于是辞职回家，阁臣王家屏继任辅。

对于万历借故拖延立太子的行为，御使钱一本一针见血地指出：以前不许大臣再上疏说立储的事，越说越延迟，这其实是个陷井，如果没有人说这个事，过了立储的时间就假装不知道，只能延期。如果有人提及又说是激扰，并以此为借口推迟，横竖都要延期，这样做的目的，就是为了“祍席昵爱之私”。

万历二十年正月，礼科给事中李献可联合其它六科言官上疏请求举行皇长子“豫教之典”，不巧的事，此疏犯了一个低级错误，误写了弘治年号，被万历抓了把柄，责以“小臣烦激，违旨侮君”，将李献可降级外调，其余人员罚半年工资。辅王家屏主持正义，封还了皇上的批示。同时不少大臣也上疏申救李献可。万历更加生气，接连处罚了十余人。科臣孟养浩最为倒楣，他的奏疏最后一个上，加杖一百。因为他奏疏与以前钱一本所奏类似，使皇上想起了钱一本，将钱一本一并斥逐为民。

万历二十一年，又到了皇上承诺立太子的时间了。这回大臣们吸取了张有德的教训，都默不作声。万历无法拿皇长子年幼或廷臣“激扰”说事了，于是又搬出了皇后，他说，《皇明祖训》中有立嫡不立庶之训，现在皇后还年轻，现在立太子，以后皇后生了儿子，是立为太子呢？还是封为王呢？再等几年，如果皇后还不生，再立太子不迟。现在应该将三个儿子一起封王。三王并封的提议引起举朝大哗。又有一些官员上疏反对受到处罚，万历不得己收回三王并封的决定。

万历二十二年二月，万历允许皇长子出阁讲学。

万历二十四年，皇长子己年满十五岁，围绕着册立、加冠礼和婚礼，诤谏仍在继续。

万历二十六年，在群臣的催促下，万历开始为儿子盖房娶媳妇，他“祭告奉先殿，诏内臣于京城内外及里八府刷选淑女”。

万历二十九年十月，举行了册立太子的仪式，此进朱常洛被正式立为太子，此时常洛己年满二十岁。

国本之争从万历十年开始，断断续续一直争论了十九年才落下围幕。仔细考察这一过程，并未现万历有什么大的过错。

万历欲立郑贵妃之子朱常洵为帝只是风闻，并没有实据，立郑贵妃为皇贵妃也没有什么过错，群臣以风闻为据，对万历进行批评，要求册立年仅四岁的皇长子，是没有道理的。

万历十八年以后，争谏达到**。当时皇后还年轻，生儿子的可能性仍存在，一旦嫡子出生，会造成矛盾，万历的顾虑也不无道理，群臣有“烦激”之嫌。

万历二十四年以后，皇长子虽己长大（15岁），但此时国内外战事激烈（播州之乱从万历十七年持续到万历二十八年才结束。万历二十年生了宁夏哱拜之乱和援朝抗倭战争，援朝抗倭战争直到万历二十七年才结束）。战争消耗臣大，国库空虚。加冠、婚礼这些花销大的事情当然要受到一些影响，战争期间也不适合举行册立仪式。万历二十九年，战争结束后不久，万历正式册立朱常洛为太子。

国本之争对明朝造成的影响和伤害可能并没有世人想像得那么严重。它反映了明代继承制度其实也是有缺陷。“立嫡、无嫡立长、兄终弟及”的规定看似万无一失，但如果皇后迟迟不生，皇长子岁数很大了怎么办？皇后可否从庶子中收养义子从而越过皇长子继位？包括嘉靖时期的以堂兄弟的名义继位可否追封自己的父亲为皇帝？等等。可见模糊的政策比没有政策还要麻烦。这些问题如果放在中国历史上任何一个朝代都不会产生问题，在明代却会引起轩然大波，明朝的皇帝实在太难当了。