国本之争加剧了万历对文官集团的反感，这也是他长期不上朝的原因，目的就是要消除群臣争吵的机会和话题。在“静摄”期间，他既不倚重阁臣，也不倚重太监，大家都没有什么权力，也没有什么事干，争吵的动机和载体没有了，自然也就没有什么争吵的必要了。

然而朝堂上事权真空的局面，却带来了另外一个后果——山中无老虎，猴子争霸王。群臣们是不会闲着的，他们很快就找到事干了，那就是——党争。

在中国古代，有权力的地方就有党争。有党争是绝对的，无党争是相对的。

对于皇帝来讲，党争是一把双刃剑。党争在一定范围内是有利的，皇帝可以利用矛盾，牵制平衡，防止专权。但是党争过范围，双方以国事为砖头互相丢掷，就会乱政，危害统治，万历时期兴起的党争就属于这种情况。如何把握矛盾，利用其有利的一面，控制其不利的一面，实在是当权者必修的一门高深学问。

明朝末年，人们将党争的形成概括为：今日之争，起于门户，门户起于党争，党争起于东林，东林起于顾宪成。

顾宪成，无锡人，万历八年进士，官至吏部文选司郎中。万历二十二年（1594）革职还乡，与弟允成和高攀龙等在东林书院讲学。往往讽议朝政，朝野应合，东林之名由是大著。顾宪成和**星、邹元标号为三君。

万历二十二年（1594年），顾宪成任吏部文选司郎中，掌管官吏班秩迁升、改调等事务。

时逢辅王锡爵年老引退，便命吏部根据品望推选六七位能够胜任辅之职的官员听候点用。不料，顾宪成等人违背皇帝的意思，几次提名的人，都是万历所厌恶的，万历认为吏部在“徇私”，在吏部的奏疏上批了“司官降杂职”五个字，矛头直指顾宪顾，给顾宪成降职处分。

没想到顾宪**气很旺，许多大臣纷纷上疏申救，奏疏共达几百封。万历大怒，以“忤旨”之罪将顾宪成革职为民，那些上疏申救的官员也都受到外放、降调、削职等处分。

顾宪成的活动能力很强，回到家乡以后，并没有养望林下，短暂休整之后，就开始以讲学为名，广交朋友。

他请进来，走出去。在自己住宅南边造了几十间书舍专供来人居住，还经常与苏州、松江、常熟、太仓、嘉兴、宜兴等吴中学者聚会。

随着活动量的增加，顾宪成迫切感到必须具备一个固定的讲学场所，从而将分散的讲学活动变成一个有协调组织的统一活动，从而增强社会影响力。

万历三十二年（16o4年），经顾宪成等人的努力，官府终于批准在无锡城东门内的东林书院遗址重建东林书院。九月工程告竣，共用了12oo多两银子。作为倡起人之一的顾宪成捐银最多，又去策动吴地官员和缙绅捐资助修，出了很大力。

顾宪成又亲自为书院讲会审订了宗旨及具体会约仪式，这年十月，顾宪成会同顾允成、高攀龙、安希范、刘元珍、钱一本、薛敷教、叶茂才（时称东林八君子）等人起东林大会，制定了《东林会约》，它规定每年一大会，每月一小会，除了严寒盛暑外，定期会讲。

东林书院从成立之初就不是一个单纯的学术团体，而是一个政治意图明显的在野人士俱乐部，它由一批心有不甘的在野人士起成立，主要活动是学术搭台、政治唱戏。

明代官场各种复杂关系不断在东林书院交汇凝结。东林书院很快就展成为各种关系的总部基地，编织成一个隐秘而庞大的关系网，每年一次的大会有时多达千人，积聚了很大的政治能量，从而吸引了众多在职官员参与其中，小官加入其中可相互取暖，大臣也愿意引以为后盾，形成了势力庞大的东林党。东林党是明朝党争的始作俑者，对明代政治影响深远。

东林党虽然站在道德的制高点上，以气节道义相号召，以君子自居，但有一点是可以肯定的，结党必定营私，结党必破坏平衡，无论古今中外，结党都不是一个好现象。“风声、雨声、读书声，声声入耳；家事、国事、天下事、事事关心”这个漂亮的对联，也不能掩盖结党的消极方面。

由于东林党人对政治生态平衡的破坏，威胁到其它非东林党人的利益，许多非东林党的官员为自保也纷纷以地域为单位，以高官为领袖，结成帮派，一时朝中宣党、浙党、楚党、齐党林立，他们联合起来打击东林党人，而万历皇帝也逐渐对东林党感到厌恶，因此，在万历期间，东林党使终在党争中处于下风。

一开始双方尚未在朝堂上公开交手，而是利用京察互放冷箭。

明代“京察”和“外察”是对官吏进行考核的两种制度。“京察”是考察在京任职的官员，每6年一次；“外察”是考核在地方上任职的官吏，每3年一次。一般是趁外官来京师朝见皇帝时给以考察。“京察”是根据官员的政绩、品行，来决定升迁、降调或罢官等奖惩。若是“京察”中被罢了官，就将终身不再起用，政治生命就此结束。

由于“京察”的致命性，常常成为官僚间互相斗争的一个重要场合，东林党和非东林党人开战以后，京察更是成为双方的主战场。

万历三十三年，主持“京察大计”的是东林党人都御史温纯和吏部侍郎杨时乔，他们借机把浙党官员钱梦皋、钟兆斗等人贬谪了。但南京的“京察大计”主持者则是齐、楚、浙党主持，他们也斥逐东林党的官员。